医院内部控制是企业内部控制在卫生领域的延伸。2006年6月，卫生部颁布了《医疗机构财务会计内部控制规定（试行）》，但只限于对医疗机构与财务会计相关的内部控制做了相应规定。2012年，财政部颁布《行政事业单位内部控制规范（试行）》，对行政事业单位内部控制的定义、目标、原则和方法做了明确的规定，该规范着眼于所有行政事业单位内部控制，是一个指导性文件，而且主要针对经济业务层面。从实践看，不能完全适应医院内部控制的需要。
近年来，学术界也一直致力于医院内部控制的研究。俞斯海（2010）对内部控制的制度建设做了探讨，认为医院内部控制制度设计存在诸多缺陷，主要是医院管理层不重视、内部审计独立性不强等8个方面的原因，并提出了相应的解决办法和对策；汪丹梅、唐宝国等（2012）通过对大型综合医院内部控制建设的理论基础和存在的普遍问题进行梳理和分析，提出了内部控制制度构成和具体内容设计的思路与方法。内部控制的体系构建是内部控制的关键，一些学者从不同角度进行了研究。
李慧玲、马新丽等（2009）通过对医院内部控制有效性影响因素的研究指出，完整的内部控制框架必须包含3部分内容：一是良好的内部控制环境，二是完善的内部控制体系，三是健全的内部控制监督与评价机制。其中控制环境是整个控制系统的基础，控制体系是其核心部分，而监督与评价机制则是内部控制有效进行的保证，三者相辅相成，缺一不可；戴力辉、洪学智等（2012）结合
医院风险管理的特殊性，对我国医院的内部控制体系研究与现状进行系统分析，提出要强化医院风险意识，提高风险管理水平；冯雁和杨兴宇（2012）从基于COSO委员会发布的《企业风险管理－总体框架》，对我国医院内部控制体系存在的问题进行了分析，提出重新构建以全面风险管理为核心的内部控制体系。在内部控制评价方面，陈洁（2007）认为，内部控制制度的评价要点关键在于评价制度的环境及制度的健全性；吴淑玲和陈财柳（2007）认为，医院内控制度是否健全有效，直接影响医疗行为中经济活动的合法性。
内部控制的方法也是学者们关注的重点，朱倩和李恒（2012）结合波特“五力”模型，从监管机构、患者、供应商、医院的角度提出了如何建设医院的内部控制；另外，国外学者还引入了大型综合医院的内部控制管理办法，包括全面质量管理（TQM）、连续性质量促进（CQI）、以病人为中心的护理以及危急情况路径方法等。此外，还有一些学者从医院的药品内部控制、财务内部控制、内部审计等部分业务层面做了诸多探讨。
总体而言，我国医院内部控制的研究是在对企业内部控制研究的基础上逐渐发展起来的，起步较晚，研究成果不多。现有文献较多集中在医院部分业务或内部控制存在问题及对策方面，内部控制体系建设方面的系统研究较少，且大多是照搬企业内部控制体系或在此基础上稍加改良，适应医院特点的内部控制框架体系建设方面的研究还没有取得突破性的进展。
医院是特殊的医疗机构，是解决基本医疗、缓解人民群众看病就医困难的主体，公益性是医院的主要特点。这是医院不同于营利性企业的特殊性所在。随着医院改革的不断深入，医院现有的运行机制和管理体系面临巨大的挑战，因此，建立一套体现医院特色、服务于医院目标的内部控制框架体系，符合现代医院治理的需要，符合改革发展的需要。
