（1）内部控制主体的确定。内部控制主体是指谁来进行内部控制，包括需求主体和实施主体。需求主体就是谁会有内部控制的需求，对于医院主要有政府或是出资者、高层管理人员以及党委和工会组织等利益相关者。实施主体是谁会具体实施内部控制，主要包括医院各职能部门、内审机构、外审机构以及普通员工。根据医院的规模和实际需要，需求主体既可与实施主体重合也可与实施主体分离。
（2）内部控制主体的层次。我国医院主要是由政府设立的非营利性医疗机构，当前部分医院引进民营资本进行股份制、混合所有制等形式的改造，但只要是国有控股，都属于医院的范畴。一般而言，医院由4种经济主体所组成，即政府、经营者、管理者和普通员工，这4种经济主体都有各自的目标，并且有各自的可控因素。因此，公
立医院内部控制主体一般由以下4个层次组成：
第一层：政府或出资者。其控制目标是要求医院提供可及、公平的基本医疗服务，并且保证在信息真实完整的基础上做到资产保值增效和有效利用。
第二层：经营者。指医院的领导班子，即决策层，其控制目标是制定医院的发展战略，确保医院业务经营活动的有效进行。
第三层：管理者。是指医院的职能部门负责人，其控制目标主要是完成医疗、教学、科研等目标任务。第四层：普通员工。其控制目标是完成岗位范围内的业务经营活动。
