实践中集团企业往往对全面预算有较高较明确的要求，但许多医院对预算的重要性认识不足，编制预算是受迫于上级主管部门的压力而非出于自身管理的动力，预算编制能力较弱且不符合集团化管理要求。
医院预算编制一般仅限于收支总预算，不做资金预算、业务预算、采购预算。预算层次也往往停留在院级上，认为科室收支具有不可预测性，编制预算工作量大且繁琐，预算一旦编出又受其约束，视之为负累，致使预算缺乏部门的广泛参与，预算编制工作全部交给财务部门，终形成的只有财务部门编制的院级总预算。即使各科室参与编制年度预算工作，也仅是根据历史数据上浮一定比例金额，未能根据医院技术发展需要编制各类预算，预算常常偏离实际需要，科室预算汇总和医院总体目标差异很大。这是不准确，意义也不大的预算方式方法。
特别对于影响时间长、投资额度大和投资风险大的大型医疗设备和基础建设投资，事先的定量分析不足，没有资金规划，往往等到资金缺口出现时，通过流动资金贷款解决现金流的不足，资金使用成本偏高。在分析大型医疗设备的可行性时，欠缺大型医疗设备投资效益评估和未来的使用效率分析，造成一部分设备利用率不高，又占用了财务成本和增加折旧，双重影响了医院整体结余。
