预算编制完成后，医院往往就实质上结束了全年预算工作，预算执行时缺少事中控制，如定期的预算分析、措施和调整。终预算的结果也无法与各科室绩效和奖惩激励挂钩。
医院通常把管理的关注点聚焦在医疗质量和服务水平，而对预算管理及其结果的考核评估工作往往重视不够，一般仅有预算完成率的静态考评，缺乏对全面预算管理全程的考评。
医院对各科室部门预算管理考核评估机制也不完善。预算考核是各科室按预算开展业务活动的动力和鞭策，实践中许多医院预算考核缺失，即便是进行预算考核的医院也是预算考核归预算考核，绩效考核归绩效考核，预算绩效两张皮，结余不奖、超支未罚，致使预算既无动力也无约束力。
