建立包括会计信息系统在内的医院经营管理信息平台，加强信息化系统控制和会计核算流程控制，通过成本、物资、资产、预算、人事、绩效等系统管理模块和财务的紧密集成来提高核算的精度，实现财务报告及相关信息的真实完整。实际经济生活中，医院财务及相关信息失真主要表现在：
第一，会计制度本身的缺陷所导致的会计信息失真。医院的支出除了非公益性支出外还应包括公益性支出，例如由于政府医疗服务的定价过低，医院在进行医疗活动中因体现公益性而发生的损耗应当享有政府的财政补贴；医院完成政府指定的公共卫生任务所产生的费用也属于公益性支出，等等。然而，旧的会计制度缺乏体现公益性类会计科目，不能提供医院公益性质的会计信息。新会计制度尽管做了较大的完善，但多年来积累的信息失实问题并不能完全消除。
第二，管理者因经济利益驱动人为调整财务信息。比如，医院在财政补偿不到位的情况下，为保证医院正常运行和扩大再生产需要向商业银行融资，促使医院管理者粉饰财务报告，以达到成功贷款的目的，终造成医院规模不断扩大、负债不断增加、医疗费用连年递增的不良后果。第三，信息系统规划不合理，信息孤岛现象严重。
医院信息化建设重局部，财务、物资、人事、设备、医疗保险等各职能子系统相互独立，缺乏整合性，造成基层数据不能上传、共享和交换，形成了信息孤岛现象，不能为管理者提供评价和决策的依据。
