医院，尤其是三甲医院和附属医院，除了提供医疗服务外，还有繁重的教学和科研任务，以及应对突发公共卫生事件等社会责任，业务复杂，涉及面宽。医院的控制活动可分为业务层面控制活动和经营管理层面控制活动两部分。
（1）重点关注业务层面控制活动。主要包括医疗、教学和科研等方面的控制活动（如图1所示）。
图1 医院业务层面控制活动
（2）强化经营管理层面控制活动。医院经营管理活动有关的内部控制涵盖预算管理控制、收入管理控制、支出管理控制、资产管理控制、项目及投资管理控制、绩效管理控制、合同管理控制等7个方面，不同类型和不同规模的医院可以根据各自的控制目标进行调整。为了评价内部控制活动是否有效，关键在于建立一个科学、可行的内部控制综合评价指标体系。因内部控制中有大量难以进行量化的重要因素，故利用单纯定量的方法不可行，较为理想的评价方法是将定量方法与定性方法结合起来。
一个完整的指标体系构建，需要经过指标的筛选、权数的赋值以及指标体系的合成等过程。首先，根据控制的要求将医院经济活动内部控制评价总目标分解成若干个子目标，在子目标下再进一步细分，直至每一个子目标都能用一个或多个指标来描述和衡量，形成一个结构明显，逻辑清晰的层次结构（如图2所示）；其次，采取一定的方法对各级指标赋权（如层次分析法），具体做法是对指标体系中的各个指标进行重要性比较，利用相应的标度转化为具体的数值，再经过一系列的数学运算确定相应指标的权重系数；后，运用加权计算方法得出每一个评价对象的综合评价分，从而构成一套完整而系统的的医院经济活动内部控制评价指标体系。
图2 指标体系层次结构
根据以上方法，以预算控制为例得出以下指标体系通过以上方法，可以得出预算控制部分的综合评价分，通过同样的方法，能够计算出医院经营管理活动内部控制的其他6个部分的综合评价分，为评价经营管理活动内部控制的有效性提供了分析模型和评价指标体系。
