对目标医院实施了并购，并非意味着整个并购活动的真正成功。因为企业和医院在使命、文化和历史等方面存在着不同程度的差异。并购后医疗集团企业对下属医院往往采取财务对接先行的管理模式。
由于各种原因，医院原有的预算管理体系往往流于形式、编制方法粗糙，执行效果不甚理想，这些问题同样也是制约其发展的重要因素。并购后的医院虽然保持公益性质不变，但在市场经济体制下引入企业经营的特点，将企业全面预算管理方法调整适用与医院，能够降低医院的运行成本和风险。因而，加强医院并购后预算管理的研究并采取积极的对策，是迫切和有积极意义的。
