政府财政补偿对公共卫生服务的生存、运行、发展起到了举足轻重的作用，需要不断对其进行资金投入。由于补偿机制改革涉及多方相关利益群体，关系相对复杂，到目前为止依然没有形成有效的补偿机制。
本文对医院公共卫生服务进行了科学分类。一方面，各级医院可以明确自己的任务。根据不同等级医院的实力、各类的公共卫生服务的特征，三级医院侧重提供突发紧急及传染病类、支农支边与义诊类，一级、二级医院侧重提供保健类、疾病预防类。
另一方面，政府根据不同等级医院提供不同类别的公共卫生服务，对各级医院具有针对性的财政补偿，即突发紧急及传染病类、支农支边与义诊类全部由政府财政补助，疾病预防类、保健类由政府承担主要部分，剩余的部分由社会、个人共同分担，做到专款专用，提高资金的使用率。
