（一）缺乏完善的财务内部控制制度
从整体角度考虑，在医院财务可持续发展的过程中，因为财务部门、采购部门、资产管理部门缺乏对医院财务内部控制的重视，致使各部门之间存在着严重不协调的情况。财务部门也没有对财务物资的转移、报废等给予相关手续，造成财务人员不能对账务展开统一处理。在物资采购过程中，采购部门具有很大的盲目性与随意性，未形成明确的授权计划与计划方案，制约了财务工作的全面展开。作为影响财务工作的重要部门，资产管理部门在易耗品采购、验收及固定资产中存在着分工不清的问题，致使影响了财务工作的顺利进行。
（二）财务人员素质不高
在医院财务工作中，财务人员是开展工作的重要所在，大多数内部控制均需财务人员展开，即便医院财务部门具备健全的制度，但是倘若财务人员素养不达标，那么也会对财务内部控制产生重大影响。根据相关调查显示，大多数财务内部控制人员只是具备一些简单的内部控制知识，缺乏对内部控制制度与实施效果的了解，导致财务内部控制工作落实不到位。与此同时，我国很多医院中均缺少一些具备专业水平的主管人员与财务人员，普遍存在着财务人员素质不高的问题，使得财务控制不仅意识不强，还存在着松懈情况，严重影响了财务内部控制制度的建设。
（三）监督机制与评价机制缺乏
在医院发展过程中，财务部门与其经济发展有着密切的关系，目前，很多医院财务部门均缺少相应的监督机制与评价机制，从整体角度而言，尽管许多医院均设立了内部控制监督机制，但是因为内部控制监督机制标准不统一，加之发展体系缺陷，导致整个监督机制与评价机制的实施效果不佳，从而影响了财务内部控制的落实，导致出现了一些财务风险。
