在预算编制过程中，各科室预算负责人员结合各自的特点和性质选择不同的编制方法，如零基预算、固定预算、弹性预算等方法。避免孤立的采用某一种方法来编制所有预算项目。
针对不同的编制内容要选取相适宜的预算编制方法，如会务费用、劳务费用、修缮费用等一些金额及变化较大项目比较适合零基预算法，在充分预计各类明细费用的基础上得出该项目的总费用预算；诊疗项目、医疗服务项目、医务人员的薪资费用和加班福利费等国家规定标准的项目则适用标准预算法；比率预算法则适合药品、耗材及医护人员的绩效等方面。面对各种业务需求，还应采用预算弹性法相辅于医院基本预算的基础上。
