根据文件要求，应达到“医院由此（取消药品加成）减少的合理收入，通过调整医疗服务价格补偿80%、财政专项补助10%、医院自我消化10%的原则进行补偿”，但实际执行情况却难以达到。首先，通过调整医疗服务价格来补偿取消药品加成而减少的合理收入，该比例难以达到80%。
其次，取消药品加成后，试点医院表示各级财政补助的10%中，政府投入不连续，常发生拖延履行的情况。而关于医保补费控费作用，调价后的医疗服务价格项目在患者的医保报销比例中无明显变化，即取消药品加成对降低患者的自付比例不起作用。
1.2.2基本药物制度
（1）国家基本药物目录和省级基药目录的品种和数量尚不能满足县级医院和病人的需要，并且基本药物目录与医保报销药品目录规定不同步，影响参保人报销。如部分医院反映格列齐特片II（达美康）80mg×60片/盒，药管部门通知为“省基”，但医保部门定为自费药。这是极其普通的糖尿病用药，但患者却不能报销。
（2）药品采购程序拖沓。采购过程过多过细，增加了医院的工作量，且时间历时太长。新的药品交易办法规定了医院的采购周期和采购量，用完后只能追加10%，如原采购量用完需提前3个月报量。
（3）药品采购价格偏低，导致供应不及时。部分基本药物虽在临床经常使用，疗效好，但价格相对低廉，许多厂家送货不及时，难以满足临床需求。
1.2.3医保支付
相关政策要求“坚持以基金预算管理为基础，实行总额控制，实施平均定额付费、总额预付、按病种付费、按人头及按服务单元付费等复合支付方式”，但实际上有部分县级医院实施的是单一的医保支付方式，而且医院与医保机构的谈判机制尚未建立。
1.2.4人事分配制度
经营自主权：试点医院目前的资金使用权限受到政府严格限制，需经过层层上报和会议讨论程序才能终获得。另外，人员录用由人社局和卫生局负责，院方一般不参与。（2）人才管理制度：发展较缓慢、经济较落后的县级医院，人才流失现象较严重。许多专业技术人员尤其是放射科医生，到医院工作1~3年，熟悉岗位工作和得到执业医师执照后，倾向于选择跳槽到其他医院工作，这一现象长期存在。
1.2.5现代医院管理制度
试点医院中大部分没有建立法人治理结构，即使有医院具有关于实施法人治理结构和建立理事会制度的文件，也是形同虚设。
1.2.6医院服务能力建设
（1）信息化：由于经济发展水平和医院建设能力不同，试点医院的信息化建设有较大差异。总的来说，县级医院的信息化建设比较落后，一是没能建立起较为完整的医院信息系统，部分医院尚采用手写病历，甚至没有基本的医生和护士工作站；二是虽已建立起较为完整的医院信息系统，但使用率较低，实施效果不佳。
（2）临床路径：从调研访谈得知，试点医院基本上开展了临床路径建设，但实施效果不理想。比如，四会市人民医院实施了单纯性阑尾炎、单纯性甲状腺肿、男科保健等5个简单的临床路径，但由于患者不信任不使用此种治疗方案，医生难以真正开展临床路径，因此基本是属于无法开展的状态。
1.2.7县域就诊率
访谈结果显示，调研医院的县域就诊率均无法达到文件中关于“县域内就诊率提高到90%左右”的要求，普遍仅能达到60%或以下。
