有很多研究都谈到了手术成本对于手术接受意愿的影响，我们将手术成本大致分为两类：手术自身的成本以及恢复期的成本。手术自身的成本主要包括3个方面：
（1）手术费用；（2）交通费用；（3）机会成本。手术费用是指患者进行手术所需要支付给医疗机构的费用，不包括其他费用。虽然现在国际上为了推广MC手术预防AIDS，在很多地区对手术费用都进行了减免，但一些低收入地区和人群仍表示难以承受。例如Jaehyun的研究就指出，在他们开展调查的地区，虽然手术费用仅为大约11美元，但由于社会中大多数人均每日收入不到1美元，所以手术费用成为了一个巨大的经济负担。
此外Bailety等的研究也有类似结果，被访者甚至直接指出高额的手术费是阻碍他们接受手术的主要原因。尽管如此，Ngalande的研究也指出，人们通常不愿意接受完全免费手术，因为他们认为免费的手术可能质量较差除了男性包皮环切的直接费用，交通费用也可能增加手术的成本。这种情况在医疗和交通条件落后的地区尤为明显。例如在马拉维，缺乏手术机构使得人们在前往医院时就要花费大量的交通费用，让人们难以接受。
此外，考虑到包皮环切术部位特殊性和术后疼痛，显然不适合患者步行或骑自行车回家，这又大大增加了手术的交通费用
另外，包皮环切术手术医疗机构效率低下也会浪费大量的机会成本。有研究显示，平均每例手术要耗费患者至少6个小时，而其中真正的手术时间只有40分钟左右，而术前的HIV和血红蛋白检查却需要耗费5个小时以上，并且这些检查可能无法一天完成。此外，患者术后还需抽出大量时间前往医院复查，而这些相加会耽误患者大量的工作学习时间。
在谈到恢复期成本时，大家谈的多的是术后如何维持自己和家庭日常生活，特别是一些低收入人群。一般情况而言，成年男性都是家庭的主要劳动力，在他们选择进行手术后往往短时间内无法恢复工作。这样一来，这段时间内他们家庭可能因为缺少收入来源无法维持日常生活。成年男性术后勃起又容易造成伤口破裂、出血，缺医少药等情况不仅会延迟伤口愈合，还也意味着更长的恢复时间和恢复费用。
同样，手术带来的禁欲期也是参与者关心的话题。通常包皮环切术后会有1-8周的禁欲期，调查显示一些年轻人担心会因为禁欲而失去他们的伴侣，年老的被调查者则表示，与妻子同居很难遵守禁欲期。
